Naučnici Medicinskog fakulteta University of Virginia razvili su važne nove pristupe koji će pomoći u borbi protiv raka i unaprediti najsavremenija istraživanja genomike. To će im pomoći da razviju bolje načine lečenja i prevencije raka, pored unapređenja mnogih drugih oblasti medicinskih istraživanja.
Razlaganje arhitekture genoma i zdravih i kancerogenih ćelija
Dr Chongzhi Zang i njegove kolege i studenti razvili su novu računsku metodu za mapiranje obrazaca preklapanja naših hromozoma u tri dimenzije, na osnovu eksperimentalnih podataka. Ovo je važno jer konfiguracija genetskog materijala unutar naših hromozoma zapravo utiče na rad naših gena. Kod karcinoma ta konfiguracija može da pođe po zlu, pa naučnici žele da razlože arhitekturu genoma i zdravih i kancerogenih ćelija.
Koristeći svoje nove pristupe, dr Zang i njegov tim već su otkrili riznicu korisnih podataka, a svoje tehnike i nalaze učinili dostupnim svojim kolegama naučnicima. Da bi unapredili istraživanje raka, čak su napravili interaktivnu internet stranicu koja okuplja njihova otkrića sa ogromnim količinama podataka iz drugih izvora. Kažu da njihova nova web lokacija, bartcancer.org, može pružiti „jedinstveni uvid“ istraživačima karcinoma.
Razotkrivanju genetskog uzroka raka
– Uzorak preklapanja genoma izuzetno je dinamičan. Često se menja i razlikuje se od ćelije do ćelije. Naš novi metod ima za cilj da poveže ovaj dinamički obrazac sa kontrolom aktivnosti gena. Bolje shvatanje ove veze može pomoći u razotkrivanju genetskog uzroka raka i drugih bolesti i može voditi budućem razvoju lekova za preciznu medicinu – objasnio je dr Zang, biolog iz UVA Centra za javno zdravlje Genomics and UVA Cancer Center.
BART je novi algoritam za borbu protiv raka
Novi pristup mapiranja preklapanja našeg genoma koji je razvio dr Zang naziva se BART3D. U osnovi, upoređuje dostupne podatke o trodimenzionalnoj konfiguraciji o jednom delu hromozoma sa mnogim njegovim susedima. Na taj način dr Zang popunjava praznine u nacrtima genetskog materijala koristeći „Analizu vezivanja za regulaciju transkripcije“ ili BART, novi algoritam koji su nedavno razvili. Rezultat je mapa koja nudi dosad neviđeni uvid u to kako naši geni komuniciraju sa „regulatorima transkripcije“ koji kontrolišu njihovu aktivnost. Identifikovanje ovih regulatora pomaže naučnicima da shvate šta uključuje i isključuje određene gene – informacije koje mogu koristiti u borbi protiv raka i drugih bolesti.
Baza podataka za istraživanje 15 različitih vrsta karcinoma
Naučni tim sa University of Virginia je takođe izgradio bazu podataka BART Cancer kako bi unapredio istraživanje 15 različitih vrsta karcinoma, uključujući rak dojke, pluća, debelog creva i prostate. Naučnicima je omogućeno da pretražuju interaktivnu bazu podataka kako bi videli koji su regulatori aktivniji, a koji manje kod svakog karcinoma. Ispitivanja su pokazala da je server nadmašio nekoliko postojećih alata za identifikaciju regulatora transkripcije koji kontrolišu određene setove gena, saopštili su naučnici.
– Iako istraživač raka može da pretražuje našu bazu podataka, kako bi pregledao potencijalne ciljeve lekova, bilo koji biomedicinski naučnik može da koristi naš web server za analizu sopstvenih genetskih podataka – naglasio je dr Zang i izrazio nadu da alati i resursi koje razvijaju mogu da imaju koristi za čitavu zajednicu biomedicinskih istraživanja ubrzavanjem naučnih otkrića i budućim terapijskim razvojem.
